More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5412 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5412  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  588  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.663662 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1196  LysR family transcriptional regulator  94.16 
 
 		 291 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188455  normal  0.473378 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0394  transcriptional regulator  63.79 
 
 		 293 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.505096  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1152  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 293 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1858  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 293 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.039705  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0865  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 293 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0304  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 293 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1746  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 293 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2129  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 293 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.121849  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3941  LysR family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 292 aa  348  5e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2178  LysR family transcriptional regulator  63.45 
 
 		 293 aa  346  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.506627  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2044  LysR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 292 aa  344  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0266448  normal  0.0977576 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3434  LysR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 292 aa  341  7e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.543967  normal  0.141356 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4763  LysR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 289 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3071  LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 303 aa  246  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0185768  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3551  transcriptional regulator, LysR family  46.02 
 
 		 301 aa  242  6e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3583  LysR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 292 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  30.61 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  30.61 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  30.61 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.61 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.61 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.08 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 293 aa  139  7.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.93 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.14 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.11 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 291 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1663  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202472  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  30.14 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  30.14 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  30.14 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  29.87 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 297 aa  126  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  30.93 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  30.8 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  34.8 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  34.8 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>