More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3941 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3941  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3434  LysR family transcriptional regulator  98.28 
 
 		 292 aa  554  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.543967  normal  0.141356 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2044  LysR family transcriptional regulator  92.44 
 
 		 292 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0266448  normal  0.0977576 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0865  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1858  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.039705  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1746  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0304  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0394  transcriptional regulator  68.75 
 
 		 293 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.505096  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2129  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.121849  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1152  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2178  LysR family transcriptional regulator  69.79 
 
 		 293 aa  374  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.506627  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1196  LysR family transcriptional regulator  60.7 
 
 		 291 aa  353  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188455  normal  0.473378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5412  transcriptional regulator, LysR family  59.72 
 
 		 297 aa  348  5e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.663662 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4763  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 289 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3071  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0185768  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3583  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 292 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3551  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  31.83 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  31.83 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  31.83 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  31.83 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  31.83 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.6 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.29 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1663  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202472  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  32.99 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  132  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  30.58 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  30.58 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  30.58 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  30.58 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.88 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  30.93 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  30.93 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  30.93 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  30.93 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  30.93 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 298 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 299 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>