More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3509 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  617  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  65.89 
 
 		 306 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  49.32 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 300 aa  251  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  48.63 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  47.44 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 302 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  45.35 
 
 		 292 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  47.49 
 
 		 295 aa  215  7e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  42.21 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  42.21 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  42.21 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  41.87 
 
 		 292 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 292 aa  212  7e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1893  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  43.64 
 
 		 312 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 290 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 291 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 290 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 290 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.52 
 
 		 292 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 292 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  41.28 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  41.48 
 
 		 302 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  45.99 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 		 292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 328 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 328 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  40.23 
 
 		 299 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  47.53 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 304 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 297 aa  192  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.54 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.54 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  47.15 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.54 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  38.19 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  38.19 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 289 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  40.14 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  40.14 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  39.56 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  40.53 
 
 		 331 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  40.23 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.87 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.74 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  44.19 
 
 		 337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  39.85 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  40.13 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 328 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 317 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.73 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.73 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.73 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.73 
 
 		 329 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>