More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0956 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  626  1e-178  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  88.82 
 
 		 304 aa  558  1e-158  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 276 aa  155  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 295 aa  145  9e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 315 aa  145  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 327 aa  126  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 327 aa  125  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 341 aa  125  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1681  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.439861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 324 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  27.89 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.38 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  99.4  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1712  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 309 aa  96.3  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 306 aa  95.9  8e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 314 aa  92.8  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  26.71 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  27.18 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.37 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 300 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3299  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 287 aa  89.4  8e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0793122  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  26.83 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  30.45 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  26.86 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 321 aa  87  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.07 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3810  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 372 aa  87.4  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2173  transcriptional regulator, LysR family  23.76 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 307 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>