More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_2185 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  616  1e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 308 aa  267  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  45.61 
 
 		 332 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  44.26 
 
 		 306 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.26 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  44.26 
 
 		 305 aa  262  4e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  44.59 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  44.26 
 
 		 306 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 316 aa  258  9e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  43.92 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 309 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 301 aa  252  4.0000000000000004e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  43.15 
 
 		 313 aa  248  8e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  42.09 
 
 		 305 aa  246  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  42.47 
 
 		 294 aa  245  6.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  42.09 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 301 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0677  putative transcriptional activator METR transcription regulator protein  40 
 
 		 304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0439978  normal  0.107972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  40.07 
 
 		 293 aa  239  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 306 aa  239  5e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  42 
 
 		 308 aa  238  6.999999999999999e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  42.28 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0811329 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  40.88 
 
 		 300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  38.98 
 
 		 313 aa  232  5e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  232  6e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  40.2 
 
 		 301 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  40.6 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3732  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 308 aa  229  5e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  42.46 
 
 		 318 aa  228  7e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1605  transcriptional regulator MetR  40.47 
 
 		 353 aa  225  7e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827323  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3203  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0989  transcriptional activator MetR  40.47 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2986  transcriptional activator MetR  40.47 
 
 		 353 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0468  transcriptional regulator MetR  40.47 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2617  transcriptional activator MetR  40.47 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17858  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0158  transcriptional activator MetR  40.47 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2924  transcriptional activator MetR  40.47 
 
 		 353 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3030  transcriptional activator protein  40.47 
 
 		 353 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 304 aa  221  9e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3249  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2987  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 317 aa  219  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  39.32 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  39.32 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  39.32 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  39.32 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  39.32 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  39.32 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  40.2 
 
 		 296 aa  218  7e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 304 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  38.98 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  38.98 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  38.98 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  38.98 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  38.85 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0731  LysR, substrate-binding  40.14 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0767201  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1631  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.132041  normal  0.262008 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 317 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2083  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 309 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100684  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  38.85 
 
 		 317 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4448  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 311 aa  215  8e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103912  normal  0.815394 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4357  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.966548  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  212  7e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>