More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3469 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
305 aa  618  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
305 aa  618  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0811329 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0677  putative transcriptional activator METR transcription regulator protein  91.12 
 
 
304 aa  565  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0439978  normal  0.107972 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2635  LysR family transcriptional regulator  65.25 
 
 
311 aa  434  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000430494  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4244  LysR family transcriptional regulator  62 
 
 
306 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1251  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 
310 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0346286  normal  0.880588 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5363  transcriptional regulator, LysR family  61.67 
 
 
310 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.782809  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4563  LysR family transcriptional regulator  61.67 
 
 
307 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000547874  normal  0.177328 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  55.78 
 
 
313 aa  361  8e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1605  transcriptional regulator MetR  55.18 
 
 
353 aa  330  3e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827323  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1631  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 
309 aa  329  3e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.132041  normal  0.262008 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2924  transcriptional activator MetR  55.18 
 
 
353 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3030  transcriptional activator protein  55.18 
 
 
353 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2986  transcriptional activator MetR  55.18 
 
 
353 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0989  transcriptional activator MetR  55.18 
 
 
310 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2617  transcriptional activator MetR  55.18 
 
 
310 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17858  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0468  transcriptional regulator MetR  55.18 
 
 
310 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0158  transcriptional activator MetR  55.18 
 
 
310 aa  328  9e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2083  transcriptional regulator, LysR family  54.3 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100684  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  51.97 
 
 
308 aa  323  3e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3249  transcriptional regulator, LysR family  52.82 
 
 
308 aa  321  8e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4448  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 
311 aa  305  6e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103912  normal  0.815394 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 
316 aa  294  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
304 aa  294  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  46.18 
 
 
313 aa  289  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  48.53 
 
 
310 aa  285  5e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  48.53 
 
 
310 aa  285  5e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  46.84 
 
 
309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  47.18 
 
 
305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 
309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  47.39 
 
 
306 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  46.51 
 
 
309 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  46.84 
 
 
305 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
305 aa  280  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  47.18 
 
 
332 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.85 
 
 
305 aa  278  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  46.08 
 
 
306 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  45.85 
 
 
305 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
308 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 
305 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  40.53 
 
 
303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
302 aa  237  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
306 aa  236  3e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
299 aa  236  4e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  39.87 
 
 
303 aa  235  6e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
317 aa  235  7e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
316 aa  235  7e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
296 aa  235  7e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  39.87 
 
 
305 aa  235  7e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4357  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 
311 aa  232  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.966548  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  41.03 
 
 
317 aa  232  6e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 
312 aa  232  7.000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  41.03 
 
 
317 aa  231  8.000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
317 aa  231  8.000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  40.89 
 
 
317 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  40.89 
 
 
317 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
301 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
301 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  40.89 
 
 
317 aa  229  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 
317 aa  229  5e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  40.89 
 
 
317 aa  229  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  40.89 
 
 
317 aa  229  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
317 aa  229  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4074  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 
311 aa  229  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.741319  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
296 aa  229  6e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 
312 aa  228  6e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0365  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
319 aa  227  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326728  hitchhiker  0.000627592 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
301 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  41.03 
 
 
317 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  41.03 
 
 
317 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  41.03 
 
 
317 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  41.03 
 
 
317 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  41.03 
 
 
317 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  40.55 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0016  transcriptional regulator, MetR  38.75 
 
 
302 aa  220  3e-56  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
301 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3732  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 
301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  38.36 
 
 
301 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
297 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3203  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
300 aa  209  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
301 aa  210  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2987  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
299 aa  209  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.120469  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
301 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
301 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  39.24 
 
 
296 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  36.99 
 
 
300 aa  202  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  37.85 
 
 
299 aa  200  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  35.86 
 
 
293 aa  196  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>