More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2318 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  605  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  61.79 
 
 		 318 aa  398  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 302 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  61.13 
 
 		 301 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  61.13 
 
 		 301 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 301 aa  386  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  60.13 
 
 		 301 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  53.1 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  52.07 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 305 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.03 
 
 		 305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  51.38 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  51.38 
 
 		 305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  52.07 
 
 		 332 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 309 aa  298  6e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  48.62 
 
 		 309 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 309 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  50 
 
 		 306 aa  295  4e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 316 aa  294  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 304 aa  286  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  45 
 
 		 313 aa  285  5e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 308 aa  285  8e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 		 306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  40.75 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  40.07 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  41.78 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  45.3 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 309 aa  246  4e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3249  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 304 aa  238  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 304 aa  238  8e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  42.67 
 
 		 313 aa  238  9e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  40.27 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  41.92 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  41.92 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  41.92 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  41.92 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  43.36 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  41.92 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  43.36 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1631  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.132041  normal  0.262008 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2083  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 309 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100684  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 317 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  41.72 
 
 		 317 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  41.38 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  41.38 
 
 		 317 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  41.38 
 
 		 317 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  41.38 
 
 		 317 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 322 aa  228  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  41.38 
 
 		 317 aa  228  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 304 aa  228  9e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  41.38 
 
 		 317 aa  228  1e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4357  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.966548  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 312 aa  225  8e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4074  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.741319  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0677  putative transcriptional activator METR transcription regulator protein  41.92 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0439978  normal  0.107972 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  40.14 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0365  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 319 aa  222  6e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326728  hitchhiker  0.000627592 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4244  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 306 aa  222  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  221  9e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  39.73 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1605  transcriptional regulator MetR  48.16 
 
 		 353 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827323  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  38.06 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2986  transcriptional activator MetR  47.76 
 
 		 353 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0811329 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0989  transcriptional activator MetR  47.76 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2617  transcriptional activator MetR  47.76 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>