More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1063 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  100 
 
 		 305 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 305 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  98.36 
 
 		 305 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  93.44 
 
 		 305 aa  590  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  92.13 
 
 		 305 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  91.8 
 
 		 305 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  90.16 
 
 		 305 aa  566  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  86.56 
 
 		 306 aa  547  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  85.25 
 
 		 306 aa  547  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  85.9 
 
 		 332 aa  542  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  75.83 
 
 		 309 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  75.83 
 
 		 309 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  75.5 
 
 		 309 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 304 aa  421  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 308 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  59.93 
 
 		 313 aa  391  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 316 aa  355  3.9999999999999996e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  56.33 
 
 		 308 aa  350  2e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  53.97 
 
 		 303 aa  337  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  50.66 
 
 		 305 aa  318  9e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  49.5 
 
 		 303 aa  311  1e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1631  LysR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 309 aa  309  4e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.132041  normal  0.262008 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2083  transcriptional regulator, LysR family  51.49 
 
 		 309 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100684  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  49.17 
 
 		 313 aa  296  3e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3249  transcriptional regulator, LysR family  48.5 
 
 		 308 aa  295  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 302 aa  295  7e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0365  LysR family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326728  hitchhiker  0.000627592 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 301 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 301 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  46.55 
 
 		 318 aa  287  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2635  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 311 aa  285  5.999999999999999e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000430494  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0677  putative transcriptional activator METR transcription regulator protein  47.7 
 
 		 304 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0439978  normal  0.107972 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0811329 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5363  transcriptional regulator, LysR family  45.51 
 
 		 310 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.782809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1251  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 310 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0346286  normal  0.880588 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 296 aa  280  3e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  47.35 
 
 		 308 aa  279  4e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4244  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 306 aa  279  5e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 296 aa  277  1e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  46.92 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  46.92 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  46.92 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  46.92 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  46.92 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  46.92 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 317 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4563  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 307 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000547874  normal  0.177328 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  48.78 
 
 		 296 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  49.64 
 
 		 317 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  47.26 
 
 		 317 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  47.26 
 
 		 317 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  47.26 
 
 		 317 aa  272  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4448  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 311 aa  272  6e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103912  normal  0.815394 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  47.26 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1605  transcriptional regulator MetR  49 
 
 		 353 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827323  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2986  transcriptional activator MetR  48.67 
 
 		 353 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0468  transcriptional regulator MetR  48.67 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0158  transcriptional activator MetR  48.67 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3030  transcriptional activator protein  48.67 
 
 		 353 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0989  transcriptional activator MetR  48.67 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2924  transcriptional activator MetR  48.67 
 
 		 353 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2617  transcriptional activator MetR  48.67 
 
 		 310 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17858  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 312 aa  267  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 317 aa  266  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  45.89 
 
 		 317 aa  267  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  45.89 
 
 		 317 aa  266  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  45.55 
 
 		 312 aa  265  5.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4074  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 311 aa  265  7e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.741319  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4357  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 311 aa  262  4.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.966548  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0016  transcriptional regulator, MetR  44.83 
 
 		 302 aa  261  8.999999999999999e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 301 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  44.95 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 301 aa  252  6e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  45.49 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2987  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 299 aa  248  8e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3203  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 300 aa  246  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3732  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  44.25 
 
 		 299 aa  245  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 297 aa  244  9e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 296 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>