More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2079 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  643    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 302 aa  484  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  75.67 
 
 		 301 aa  482  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  73.09 
 
 		 301 aa  471  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  72.76 
 
 		 301 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  73.09 
 
 		 301 aa  471  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 305 aa  398  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  48.97 
 
 		 332 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  47.59 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  47.59 
 
 		 306 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 309 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.55 
 
 		 305 aa  288  7e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  46.9 
 
 		 305 aa  288  8e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  46.55 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  45.17 
 
 		 309 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 309 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 305 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 305 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 305 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 308 aa  281  7.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  43.39 
 
 		 313 aa  278  6e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 316 aa  278  1e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 308 aa  272  4.0000000000000004e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  41.1 
 
 		 303 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 296 aa  245  9e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  44.18 
 
 		 317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  44.18 
 
 		 317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  44.18 
 
 		 317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  44.18 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  44.18 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  40.07 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  44.18 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  41.87 
 
 		 293 aa  242  6e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 310 aa  241  7.999999999999999e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 317 aa  241  7.999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  38.36 
 
 		 303 aa  241  7.999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 310 aa  241  7.999999999999999e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  42.71 
 
 		 313 aa  241  9e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  43.55 
 
 		 296 aa  241  9e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 308 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  44.14 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  44.14 
 
 		 317 aa  239  4e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 306 aa  238  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 296 aa  238  9e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 316 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2083  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100684  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0365  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326728  hitchhiker  0.000627592 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4357  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.966548  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1631  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.132041  normal  0.262008 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 312 aa  236  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 312 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 		 304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4074  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 311 aa  235  8e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.741319  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  41.46 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  43.1 
 
 		 317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  43.1 
 
 		 317 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  43.1 
 
 		 317 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  43.1 
 
 		 317 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  43.1 
 
 		 317 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 304 aa  232  6e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 322 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3030  transcriptional activator protein  46.01 
 
 		 353 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2924  transcriptional activator MetR  46.01 
 
 		 353 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 322 aa  229  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1605  transcriptional regulator MetR  46.01 
 
 		 353 aa  228  9e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827323  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3249  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 308 aa  228  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2986  transcriptional activator MetR  46.01 
 
 		 353 aa  228  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2617  transcriptional activator MetR  46.01 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17858  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0468  transcriptional regulator MetR  46.01 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0989  transcriptional activator MetR  46.01 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0158  transcriptional activator MetR  46.01 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  40.94 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0677  putative transcriptional activator METR transcription regulator protein  41.24 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0439978  normal  0.107972 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0811329 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  37.11 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4448  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 311 aa  215  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103912  normal  0.815394 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0016  transcriptional regulator, MetR  39.79 
 
 		 302 aa  215  9e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2635  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000430494  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>