More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3527 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 327 aa  308  5.9999999999999995e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 327 aa  229  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 341 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 315 aa  219  7e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 319 aa  212  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 332 aa  165  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0804  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 276 aa  149  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  33.45 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 293 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.25 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.25 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  30.25 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  30.25 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  30.25 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  32.5 
 
 		 295 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.28 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1681  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.439861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 295 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.47 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 291 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 293 aa  126  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 290 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 290 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 310 aa  122  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0041  transcriptional regulator, LysR family protein  67.47 
 
 		 101 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  32.53 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  31.37 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  31.37 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  31.37 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 294 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 300 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 216 aa  116  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 300 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  29.86 
 
 		 295 aa  116  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>