More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0041 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0041  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 101 aa  201  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 324 aa  120  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  63.95 
 
 		 327 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 341 aa  77.4  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 336 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 336 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 324 aa  74.7  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 330 aa  74.3  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  45.68 
 
 		 301 aa  72  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 325 aa  71.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  57.14 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  52.11 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3128  transcriptional regulator, LysR family  54.41 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0900  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  44.19 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 317 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 305 aa  68.6  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.22 
 
 		 295 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.22 
 
 		 295 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 297 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 314 aa  68.2  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 305 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  55.36 
 
 		 304 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 298 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 303 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  45.83 
 
 		 327 aa  67.4  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3210  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 304 aa  67.4  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 308 aa  67.4  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.3 
 
 		 296 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 347 aa  67.4  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  57.63 
 
 		 294 aa  67.4  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  48.65 
 
 		 297 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 296 aa  67  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 328 aa  67  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  55.36 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  55.36 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4152  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1994  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  55.36 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  55.36 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  55.36 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  48.68 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  55.36 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 302 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  39.74 
 
 		 301 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0093  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670224  normal  0.484811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4419  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1855  LysR family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 326 aa  65.5  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 299 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5833  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 339 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.900971  normal  0.546447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 299 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 299 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  39.74 
 
 		 301 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 301 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 301 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  44.59 
 
 		 293 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 299 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 305 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  39.74 
 
 		 301 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  53.57 
 
 		 303 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 308 aa  65.5  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 305 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  39.74 
 
 		 301 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 313 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 296 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 305 aa  65.1  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  39.74 
 
 		 301 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 296 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 296 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6059  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 339 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0853  putative glycine cleavage operon activator  41.18 
 
 		 297 aa  64.7  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4160  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.73 
 
 		 295 aa  64.7  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.415883  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 326 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 292 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 294 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 293 aa  64.7  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 294 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 326 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 326 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 294 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 305 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 299 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 300 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7690  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 328 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.490012 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5031  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 297 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.361143 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 297 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 296 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 305 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>