More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_0093 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0093  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  568  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670224  normal  0.484811 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 293 aa  255  7e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 		 295 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3829  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 292 aa  235  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.13066 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2192  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 292 aa  235  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  235  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  235  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 296 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0873  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.716768 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 299 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3561  LysR family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2176  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 328 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  44.72 
 
 		 323 aa  219  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 305 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.72 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.02 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 318 aa  172  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.43 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.28 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 327 aa  159  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  37.88 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1737  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0563212 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 321 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 321 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>