More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3561 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3561  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2176  LysR family transcriptional regulator  96.63 
 
 		 328 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  90.24 
 
 		 308 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  65.99 
 
 		 296 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  60.92 
 
 		 293 aa  350  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0873  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 300 aa  322  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.716768 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 298 aa  285  7e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 304 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 304 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 304 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 304 aa  278  9e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 296 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 310 aa  275  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 299 aa  275  5e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  51.22 
 
 		 323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 299 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3829  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 292 aa  262  6e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.13066 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2192  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 292 aa  262  6e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0093  transcriptional regulator, LysR family  45.94 
 
 		 291 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670224  normal  0.484811 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.25 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 318 aa  177  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.02 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.68 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.11 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.46 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.26 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.26 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 306 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.89 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.97 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.01 
 
 		 308 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.52 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.52 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.52 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.52 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.15 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 322 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 348 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.11 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>