More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2385 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 323 aa  657    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  68.38 
 
 		 297 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  66.1 
 
 		 299 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  66.1 
 
 		 299 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  66.1 
 
 		 298 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  64.55 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  64.55 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  64.55 
 
 		 309 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 310 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  65.72 
 
 		 296 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  66.08 
 
 		 296 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0873  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 300 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.716768 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  48.98 
 
 		 295 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1783  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 308 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3561  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 297 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2176  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3829  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.13066 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2192  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.71 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 317 aa  221  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.58 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.86 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0093  transcriptional regulator, LysR family  44.72 
 
 		 291 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670224  normal  0.484811 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.92 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.88 
 
 		 306 aa  219  7e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  43.88 
 
 		 306 aa  219  7e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.84 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.75 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.94 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.94 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.52 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.45 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.45 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.58 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.45 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.16 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.45 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.4 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.4 
 
 		 303 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.4 
 
 		 303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.06 
 
 		 303 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.5 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.06 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.16 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.92 
 
 		 314 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 314 aa  208  9e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.82 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.16 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.2 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 		 310 aa  198  9e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 315 aa  195  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 308 aa  195  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.73 
 
 		 328 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.8 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 311 aa  193  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 327 aa  193  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.17 
 
 		 328 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.17 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4952  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 		 329 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4445  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528712  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>