More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_3208 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4952  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4445  LysR family transcriptional regulator  93.29 
 
 		 299 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3580  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 294 aa  315  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 318 aa  172  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 317 aa  169  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 304 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 304 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.12 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38.67 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 314 aa  165  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  34.54 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.53 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  36.61 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  159  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.03 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.35 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 334 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  33.68 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 300 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>