More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2443 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 		 300 aa  613  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  63.79 
 
 		 306 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.26 
 
 		 314 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 		 304 aa  266  4e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.01 
 
 		 303 aa  266  4e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.32 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 		 305 aa  265  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  261  8e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.97 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.97 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.97 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.97 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.97 
 
 		 305 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.99 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.8 
 
 		 307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.97 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.92 
 
 		 303 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.45 
 
 		 307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.63 
 
 		 308 aa  252  4.0000000000000004e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.92 
 
 		 303 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.6 
 
 		 303 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  47.57 
 
 		 299 aa  251  9.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.6 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.96 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.92 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.92 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.92 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.62 
 
 		 306 aa  248  7e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.92 
 
 		 305 aa  246  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.28 
 
 		 306 aa  245  6.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.28 
 
 		 302 aa  244  9e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  46.62 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.15 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  46.39 
 
 		 295 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.43 
 
 		 310 aa  234  9e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 317 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 323 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 318 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.67 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  45.39 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 321 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.23 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.54 
 
 		 328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  211  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 290 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 315 aa  209  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  43.21 
 
 		 294 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 294 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 329 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 329 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 329 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 287 aa  203  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.31 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>