More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3137 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
287 aa  569  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 
288 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  63.7 
 
 
292 aa  341  8e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  59.44 
 
 
290 aa  340  1e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  63.31 
 
 
288 aa  339  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  67.84 
 
 
260 aa  338  8e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  61.21 
 
 
285 aa  331  1e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
291 aa  324  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  57.44 
 
 
296 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  57.54 
 
 
296 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  56.03 
 
 
292 aa  318  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  56.03 
 
 
292 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 
291 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  55.02 
 
 
292 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  55.09 
 
 
300 aa  315  6e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
291 aa  313  1.9999999999999998e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  55.83 
 
 
294 aa  311  6.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  54.33 
 
 
294 aa  310  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  56.03 
 
 
300 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  54.8 
 
 
295 aa  306  2.0000000000000002e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  56.03 
 
 
296 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
296 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 
296 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  55.09 
 
 
296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  55.87 
 
 
296 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  55.09 
 
 
296 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 
293 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 
301 aa  273  3e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.03 
 
 
300 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
317 aa  198  7.999999999999999e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 
305 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 
305 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 
305 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
304 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 
305 aa  192  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
305 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
305 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
305 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
305 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
305 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 
312 aa  189  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 
294 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
307 aa  189  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  41.2 
 
 
312 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
305 aa  188  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
295 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
294 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.25 
 
 
307 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.94 
 
 
303 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.3 
 
 
303 aa  185  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
303 aa  185  7e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
303 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 
314 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.23 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.23 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
315 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.23 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.23 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.23 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.42 
 
 
314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
308 aa  182  6e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
303 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 
303 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
308 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 
306 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 
298 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 
310 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 
307 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.06 
 
 
308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 
298 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
326 aa  178  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
296 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
318 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
305 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
301 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 
296 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
309 aa  175  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  43.35 
 
 
318 aa  175  9e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
323 aa  175  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>