More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3159 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  599  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
306 aa  242  6e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 
312 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  41.14 
 
 
312 aa  218  7e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
301 aa  208  9e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.47 
 
 
310 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 
314 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
320 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
305 aa  199  3e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 
304 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
305 aa  199  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.08 
 
 
303 aa  200  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
305 aa  199  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.71 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 
302 aa  195  7e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 
303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 
303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
305 aa  195  9e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.1 
 
 
306 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 
306 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 
305 aa  192  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
305 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 
306 aa  192  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
305 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
305 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
305 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.32 
 
 
305 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.84 
 
 
314 aa  191  9e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
317 aa  191  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 
303 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 
308 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
306 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
303 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.69 
 
 
300 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 
308 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
307 aa  186  5e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 
299 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 
287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
295 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
318 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 
323 aa  178  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
288 aa  178  8e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
311 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 
292 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
308 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
320 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
321 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
321 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
321 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
321 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
321 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
321 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 
321 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 
328 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 
323 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
292 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
305 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
305 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
329 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
329 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 
329 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
311 aa  169  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
314 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
306 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.35 
 
 
348 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
297 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
327 aa  169  8e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
301 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>