More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3722 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
291 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  78.55 
 
 
296 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  75.95 
 
 
296 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  73.45 
 
 
291 aa  443  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  68.07 
 
 
294 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  69.12 
 
 
292 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 
290 aa  362  3e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 
300 aa  351  7e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  59.73 
 
 
292 aa  345  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 
292 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
296 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  59.72 
 
 
296 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  59.3 
 
 
296 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  59.3 
 
 
296 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  59.3 
 
 
296 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 
292 aa  338  8e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  59.72 
 
 
296 aa  338  9e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 
295 aa  330  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  61.27 
 
 
288 aa  329  3e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  60.64 
 
 
288 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  57.75 
 
 
300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  57.19 
 
 
287 aa  318  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
291 aa  310  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 
285 aa  305  5.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  55.28 
 
 
294 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 
293 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 
301 aa  275  5e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  55.98 
 
 
260 aa  265  8e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 
306 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.01 
 
 
303 aa  188  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.01 
 
 
303 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
303 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.98 
 
 
305 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  186  4e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  185  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 
305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.01 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.6 
 
 
314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.68 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.68 
 
 
308 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.03 
 
 
307 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
308 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 
312 aa  180  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
309 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.68 
 
 
305 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.68 
 
 
305 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.68 
 
 
305 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
314 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  37.29 
 
 
312 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 
310 aa  179  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.68 
 
 
305 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
294 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
311 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.62 
 
 
308 aa  175  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
305 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
305 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
305 aa  175  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
314 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 
306 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 
302 aa  172  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
317 aa  172  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
311 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
318 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
295 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 
306 aa  169  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
305 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  39.93 
 
 
294 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
294 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
317 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
297 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
298 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>