More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeSA_A3144 on replicon NC_011094
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  628  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  628  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  628  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  628  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 
305 aa  628  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.36 
 
 
305 aa  618  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  95.07 
 
 
304 aa  594  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  92.13 
 
 
308 aa  580  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  90.82 
 
 
305 aa  579  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  91.15 
 
 
308 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  90.13 
 
 
307 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  90.16 
 
 
307 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  89.18 
 
 
305 aa  570  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  89.18 
 
 
305 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  89.18 
 
 
305 aa  570  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  74.07 
 
 
302 aa  464  9.999999999999999e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.15 
 
 
306 aa  462  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.96 
 
 
306 aa  462  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  71.48 
 
 
306 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.86 
 
 
303 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.86 
 
 
303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.86 
 
 
303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.86 
 
 
303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.19 
 
 
303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.53 
 
 
303 aa  442  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.19 
 
 
303 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.19 
 
 
303 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.19 
 
 
303 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.85 
 
 
303 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.19 
 
 
303 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.17 
 
 
303 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.59 
 
 
303 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.63 
 
 
303 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.59 
 
 
303 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  69.55 
 
 
303 aa  429  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  65.79 
 
 
310 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  65.45 
 
 
303 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.31 
 
 
300 aa  392  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  50.52 
 
 
301 aa  308  8e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  49.66 
 
 
306 aa  268  8.999999999999999e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  47.65 
 
 
314 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  48.97 
 
 
300 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  42.17 
 
 
315 aa  245  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 
305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 
307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 
311 aa  238  5.999999999999999e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 
295 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
317 aa  235  9e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  42.9 
 
 
308 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
308 aa  229  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
311 aa  228  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
305 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 
299 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 
308 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 
311 aa  225  8e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
308 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
309 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 
308 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  43.24 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 
323 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 
314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.09 
 
 
309 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.46 
 
 
334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.6 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.81 
 
 
320 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  211  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 
321 aa  211  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.75 
 
 
348 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 
308 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
305 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 
328 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
297 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
296 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
305 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
295 aa  205  6e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
299 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
322 aa  205  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 
323 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 
328 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
327 aa  205  9e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>