More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3451 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
291 aa  584  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  55.83 
 
 
290 aa  323  2e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  56.64 
 
 
296 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  55.56 
 
 
296 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  53.85 
 
 
287 aa  313  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 
294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  54.11 
 
 
292 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  52.48 
 
 
292 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 
291 aa  311  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
291 aa  310  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  55.79 
 
 
292 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  51.23 
 
 
292 aa  308  9e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  52.08 
 
 
294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 
288 aa  301  9e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  54.64 
 
 
288 aa  298  7e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
300 aa  297  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  53.17 
 
 
285 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
296 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 
296 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 
296 aa  279  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
296 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 
295 aa  278  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
293 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  48.23 
 
 
300 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 
301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  51.57 
 
 
260 aa  252  7e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 
303 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 
303 aa  185  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 
303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 
303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 
303 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
305 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
305 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
303 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
305 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
305 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 
305 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
306 aa  176  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 
307 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 
303 aa  171  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
317 aa  170  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 
302 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
308 aa  169  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.31 
 
 
308 aa  168  9e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
306 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
306 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
318 aa  165  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 
314 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
300 aa  165  9e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 
308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
295 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 
306 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
311 aa  162  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
294 aa  162  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
312 aa  161  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  36.3 
 
 
312 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  40.21 
 
 
294 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
294 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 
314 aa  158  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
305 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
305 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 
298 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
305 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 
298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.11 
 
 
300 aa  155  6e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
309 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
309 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
301 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
304 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
327 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>