More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0661 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  100 
 
 		 294 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 296 aa  414  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 301 aa  347  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  60.48 
 
 		 301 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 299 aa  338  9e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 304 aa  329  3e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.21 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.3 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.21 
 
 		 314 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2769  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 289 aa  202  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 318 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.62 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 303 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  42.4 
 
 		 288 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 308 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.05 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.28 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 285 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 289 aa  175  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 321 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>