More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0304 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  590  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 295 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  51.4 
 
 		 298 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 		 298 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 310 aa  245  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  46.88 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 317 aa  192  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0095  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 316 aa  192  8e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.937519 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 288 aa  189  4e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  41.34 
 
 		 287 aa  189  5e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 314 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 285 aa  186  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 292 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 		 320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 321 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 295 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  41.69 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.31 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  41.92 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 320 aa  175  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 		 303 aa  175  6e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38.23 
 
 		 312 aa  175  8e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 323 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 328 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 308 aa  171  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.75 
 
 		 315 aa  169  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 334 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 311 aa  169  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 314 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 318 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 348 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>