More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0106 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  588  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 295 aa  285  8e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  47.4 
 
 		 298 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 298 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 310 aa  265  5.999999999999999e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 309 aa  249  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  48.28 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 317 aa  219  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0095  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.937519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.08 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.78 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 306 aa  195  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.58 
 
 		 320 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.44 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.61 
 
 		 348 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.96 
 
 		 334 aa  192  8e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.27 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.1 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.27 
 
 		 328 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.96 
 
 		 322 aa  188  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.41 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.41 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 287 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.59 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.41 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.41 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.41 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.82 
 
 		 322 aa  185  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 288 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 288 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 318 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.14 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 292 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 317 aa  175  8e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.01 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  39.04 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>