More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6156 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  627  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 
309 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  86.09 
 
 
311 aa  524  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  78.41 
 
 
304 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  67.44 
 
 
303 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  61.26 
 
 
306 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  52.88 
 
 
300 aa  316  4e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1784  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 
301 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.410504  normal  0.0984791 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1366  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
306 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165688  normal  0.0366589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.15 
 
 
303 aa  228  7e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
318 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.61 
 
 
304 aa  225  8e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.03 
 
 
305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.03 
 
 
305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.03 
 
 
305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.03 
 
 
305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.03 
 
 
305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 
308 aa  223  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.78 
 
 
303 aa  223  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1003  transcriptional regulator, LysR family  82.68 
 
 
223 aa  222  6e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100628 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.78 
 
 
303 aa  222  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0879  transcriptional regulator, LysR family  82.68 
 
 
223 aa  222  6e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.78 
 
 
303 aa  221  8e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.78 
 
 
303 aa  221  8e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.69 
 
 
305 aa  222  8e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.78 
 
 
303 aa  222  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.44 
 
 
303 aa  220  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.44 
 
 
303 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.44 
 
 
303 aa  217  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.44 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 
305 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 
317 aa  215  8e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.02 
 
 
305 aa  215  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.02 
 
 
305 aa  215  9e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.02 
 
 
305 aa  215  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.41 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.75 
 
 
303 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 
295 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
305 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.68 
 
 
308 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
311 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 
308 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.66 
 
 
305 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.03 
 
 
307 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.84 
 
 
314 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.69 
 
 
307 aa  208  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 
305 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
311 aa  205  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.14 
 
 
306 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 
299 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.03 
 
 
300 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.4 
 
 
310 aa  202  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.61 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 
314 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 
306 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
305 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.89 
 
 
309 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
307 aa  193  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 
306 aa  192  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 
302 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
291 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 
320 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
321 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 
292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
321 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
291 aa  182  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
348 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
292 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  40.4 
 
 
296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>