More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3748 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  589  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 
288 aa  292  5e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  53.29 
 
 
288 aa  289  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  53.19 
 
 
290 aa  287  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  51.58 
 
 
291 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  52.65 
 
 
296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  52.65 
 
 
296 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 
291 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  51.94 
 
 
294 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  51.24 
 
 
292 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  51.96 
 
 
287 aa  277  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
294 aa  275  9e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  51.6 
 
 
300 aa  275  9e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
291 aa  273  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  51.6 
 
 
292 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  54.92 
 
 
292 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  50.89 
 
 
292 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
285 aa  265  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 
296 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  49.11 
 
 
300 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  49.11 
 
 
296 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  49.11 
 
 
296 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  49.11 
 
 
296 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 
296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 
296 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 
295 aa  256  4e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  51.44 
 
 
301 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  53.17 
 
 
260 aa  239  5e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 
300 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 
303 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 
303 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 
303 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 
303 aa  176  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
303 aa  176  6e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
303 aa  175  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
303 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
303 aa  175  9e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
303 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
305 aa  169  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
305 aa  169  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
305 aa  169  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
303 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.17 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.17 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.17 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.17 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.17 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 
305 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
317 aa  166  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
304 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
318 aa  165  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
295 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.17 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.32 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3138  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224221  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 
308 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
310 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2866  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
298 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490862  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 
306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 
305 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 
312 aa  162  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
294 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
296 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.46 
 
 
312 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.16 
 
 
307 aa  159  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 
311 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.16 
 
 
307 aa  158  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
327 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
298 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
293 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4496  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
309 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592927  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
323 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
299 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
306 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
300 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 
328 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
297 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 
296 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 
297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>