More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4430 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  610  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  76.01 
 
 		 305 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  76.69 
 
 		 305 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  74.83 
 
 		 328 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  74.92 
 
 		 299 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  76.01 
 
 		 305 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  76.35 
 
 		 302 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  74.66 
 
 		 306 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  72.82 
 
 		 302 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 302 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  63.64 
 
 		 304 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  65.54 
 
 		 298 aa  362  4e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  54.85 
 
 		 302 aa  315  5e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  52.87 
 
 		 315 aa  308  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 299 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 317 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  50.16 
 
 		 317 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 310 aa  276  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 302 aa  255  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 316 aa  254  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 317 aa  254  9e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  48.98 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  47.99 
 
 		 310 aa  248  7e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 310 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 296 aa  242  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  46.8 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 326 aa  239  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 310 aa  234  9e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.42 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  44.52 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 304 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 299 aa  225  6e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 301 aa  221  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  42.76 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 298 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.44 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 323 aa  216  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1476  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.955554  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 311 aa  202  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  42.09 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4397  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  0.0963466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 296 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 296 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 317 aa  195  7e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 343 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 296 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.02 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>