More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1256 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  627  1e-179  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  50.68 
 
 		 299 aa  287  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 		 300 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 300 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 303 aa  262  4.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 298 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 305 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 323 aa  251  9.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 304 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 305 aa  249  5e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 323 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 304 aa  245  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  42.47 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.72 
 
 		 328 aa  239  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 310 aa  238  8e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  40.2 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  38.72 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  41.28 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 314 aa  206  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 315 aa  203  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 316 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 317 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 302 aa  192  9e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.38 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.52 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1476  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.955554  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1957  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.707337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 330 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 330 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  36.3 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>