More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3604 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  673    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  48.49 
 
 		 300 aa  292  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  47.06 
 
 		 299 aa  288  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  47.83 
 
 		 300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 304 aa  282  5.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 300 aa  281  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 310 aa  278  7e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 326 aa  277  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 306 aa  273  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  44.41 
 
 		 305 aa  268  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 310 aa  252  5.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 303 aa  253  5.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  42.72 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 297 aa  238  9e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.07 
 
 		 328 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 296 aa  231  9e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 315 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 299 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 323 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 317 aa  222  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 306 aa  222  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 317 aa  222  8e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 317 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 317 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 302 aa  215  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 316 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  36.57 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 310 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  37.05 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 302 aa  199  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 317 aa  198  7.999999999999999e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.82 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  37.42 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 330 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 329 aa  192  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 294 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 294 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 311 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 294 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  179  8e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>