More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3997 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  615  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 		 308 aa  614  1e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  78.57 
 
 		 309 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  72.31 
 
 		 336 aa  438  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4635  LysR family transcriptional regulator  63.43 
 
 		 307 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.258134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 300 aa  265  8e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.11 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  41.12 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 343 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4782  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.896768 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5489  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5371  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 330 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 329 aa  188  9e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.22 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0822  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2086  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1824  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.381841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1783  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1113  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379059  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0444  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.641872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0350  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 332 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5473  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.67 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.58 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  35.03 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  36.08 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.14 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4080  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>