More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3509 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  604  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  76.57 
 
 		 303 aa  471  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 300 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 300 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5473  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5220  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3679  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 310 aa  199  7e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  195  6e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 336 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  36.9 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  38.23 
 
 		 299 aa  175  6e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 328 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 323 aa  172  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 314 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4782  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.896768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2086  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1824  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.381841  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0822  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1113  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379059  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0350  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0444  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.641872  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1783  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5489  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5371  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4635  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.258134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.14 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 311 aa  158  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  34.01 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 399 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 331 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 295 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4080  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.63 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  35.28 
 
 		 317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.51 
 
 		 294 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 294 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>