More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5220 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5220  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  620  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3679  LysR family transcriptional regulator  59.16 
 
 
310 aa  366  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.11 
 
 
303 aa  225  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
300 aa  222  8e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5473  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
307 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
300 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 
307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 
307 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 
305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 
305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 
305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  35.08 
 
 
302 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.58 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
304 aa  162  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.95 
 
 
314 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 
304 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
302 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
296 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
297 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
308 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.25 
 
 
305 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
310 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.65 
 
 
305 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 
308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
297 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
310 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36 
 
 
328 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
296 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 
305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 
300 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.88 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 
300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
287 aa  153  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
300 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
311 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.64 
 
 
303 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 
306 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 
306 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
290 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 
306 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4472  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
292 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
290 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
296 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
296 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
290 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.03 
 
 
303 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
296 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
290 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 
295 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
290 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 
300 aa  149  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
290 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
305 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 
302 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
299 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.29 
 
 
310 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
290 aa  149  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
305 aa  148  9e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 
292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
300 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
296 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
298 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 
323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
399 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 
303 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
330 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
290 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
326 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
330 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.21 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>