More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4301 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
290 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 
305 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
326 aa  186  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.77 
 
 
309 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
297 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  36.33 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
303 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 
304 aa  172  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
303 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 
295 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
302 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 
294 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.46 
 
 
303 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 
305 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 
305 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 
305 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 
305 aa  169  6e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 
303 aa  168  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
322 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
305 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
298 aa  167  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
309 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
334 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 
314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.4 
 
 
328 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 
303 aa  165  8e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
306 aa  165  9e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
323 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.32 
 
 
320 aa  165  9e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
328 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
399 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.11 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
294 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.93 
 
 
294 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 
292 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
294 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
311 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
317 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.8 
 
 
310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 
304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.4 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
314 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
321 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 
321 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
311 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
321 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
321 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
295 aa  162  9e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
321 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
321 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.97 
 
 
321 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  30.82 
 
 
304 aa  161  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
298 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
300 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 
300 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>