More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5424 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  630  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 295 aa  312  4.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 300 aa  288  8e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 297 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.53 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 		 310 aa  185  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.53 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 303 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.43 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 307 aa  175  9e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.9 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 399 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.12 
 
 		 328 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 327 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 341 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0256  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.76 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>