More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1725 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  652    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 298 aa  406  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  61.51 
 
 		 299 aa  351  1e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 306 aa  349  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  58.7 
 
 		 300 aa  321  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  58.54 
 
 		 300 aa  315  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 300 aa  312  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 310 aa  263  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 310 aa  263  4e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 310 aa  261  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  44.93 
 
 		 305 aa  245  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  47.67 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.53 
 
 		 328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 306 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 323 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 304 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  41.89 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 304 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  45.18 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  42.47 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 310 aa  222  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 330 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 296 aa  218  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 297 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 329 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 343 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 317 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 317 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 317 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  44.16 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 317 aa  206  6e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.14 
 
 		 301 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 317 aa  205  9e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 310 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1957  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.707337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.26 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.93 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>