More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6038 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  677    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  98.65 
 
 		 296 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  90.19 
 
 		 317 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  86.67 
 
 		 330 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  86.67 
 
 		 343 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  86.67 
 
 		 330 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 329 aa  567  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  72.87 
 
 		 332 aa  471  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 294 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 		 294 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 		 294 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 		 294 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 294 aa  391  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.57 
 
 		 301 aa  326  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  56.57 
 
 		 301 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.9 
 
 		 328 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 326 aa  218  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  42.18 
 
 		 302 aa  215  9e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  39.25 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 300 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 298 aa  202  8e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 309 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  40.82 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 315 aa  192  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 309 aa  192  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 310 aa  192  9e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  39.26 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 302 aa  190  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 310 aa  190  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.93 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 308 aa  189  8e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 310 aa  186  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>