More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0117 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  609  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  65.91 
 
 		 317 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  65.58 
 
 		 317 aa  387  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  67.35 
 
 		 299 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  66.45 
 
 		 310 aa  377  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 315 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  55.85 
 
 		 302 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 302 aa  334  9e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.82 
 
 		 328 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 302 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 305 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 305 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 305 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 299 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  54.36 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  52.35 
 
 		 306 aa  315  5e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 298 aa  315  5e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  56.71 
 
 		 298 aa  314  9e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  268  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 316 aa  241  9e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 317 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  48.83 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 315 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 315 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 310 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  43.71 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.81 
 
 		 301 aa  228  8e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  44.33 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 301 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 292 aa  222  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 297 aa  222  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.61 
 
 		 302 aa  221  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 300 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1476  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.955554  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  41 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 332 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  43.05 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 343 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 330 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 329 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 317 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4397  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 295 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  0.0963466 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 312 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 300 aa  195  8.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>