More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4000 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  97.28 
 
 		 294 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  97.28 
 
 		 294 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  95.24 
 
 		 294 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  71.77 
 
 		 294 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 317 aa  400  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  68.14 
 
 		 296 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 330 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 343 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 330 aa  394  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 330 aa  394  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 329 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  67.58 
 
 		 332 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  59.04 
 
 		 301 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.36 
 
 		 301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 328 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 310 aa  205  7e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  39.24 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 312 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  40.89 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.2 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 317 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 317 aa  185  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 317 aa  185  6e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  36.3 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 336 aa  182  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  37.2 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>