More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0878 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  680    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  75 
 
 		 309 aa  458  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  74.15 
 
 		 308 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  74.15 
 
 		 308 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4635  LysR family transcriptional regulator  61.13 
 
 		 307 aa  362  7.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.258134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 300 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 314 aa  205  7e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.2 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5371  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 298 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5489  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 298 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4782  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.896768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  35.35 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39 
 
 		 301 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 343 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  39.66 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0444  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.641872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0350  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  189  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2086  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1824  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.381841  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1113  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379059  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0822  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1783  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 296 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 329 aa  186  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 300 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 330 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 326 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 332 aa  180  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 306 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 296 aa  179  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  36.82 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 300 aa  175  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 298 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 		 328 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  39.14 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  34.71 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.99 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 301 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5473  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>