More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0596 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 301 aa  620  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  97.32 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  83.39 
 
 		 301 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  72.43 
 
 		 309 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 312 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 298 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 296 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 296 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 296 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 296 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  51 
 
 		 304 aa  289  4e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 325 aa  240  2e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 302 aa  214  9e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  41.02 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 310 aa  212  5.999999999999999e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.27 
 
 		 328 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 311 aa  201  8e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  36.67 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  39.8 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  38.98 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  188  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 315 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  38.23 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 316 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 317 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.11 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 326 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 317 aa  178  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.23 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.67 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 309 aa  175  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 292 aa  175  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.6 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>