More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4107 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  98.66 
 
 		 298 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  96.31 
 
 		 298 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  70.75 
 
 		 296 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  70.75 
 
 		 296 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  70.41 
 
 		 296 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  70.41 
 
 		 296 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  63.39 
 
 		 309 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  61.82 
 
 		 312 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  61.28 
 
 		 301 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  61.36 
 
 		 301 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0549  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 301 aa  354  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0725196  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  54.01 
 
 		 304 aa  310  1e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 325 aa  265  8.999999999999999e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 310 aa  241  7.999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 310 aa  236  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  38.31 
 
 		 304 aa  218  7e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 310 aa  209  6e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 306 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.32 
 
 		 328 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 311 aa  201  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  39.25 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.49 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 312 aa  195  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.85 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  37.07 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  40.47 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 317 aa  193  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.71 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 323 aa  192  7e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 299 aa  191  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 318 aa  191  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 315 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>