More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1035 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  649    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 310 aa  239  5e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  40.69 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 326 aa  206  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 323 aa  198  7.999999999999999e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  35.05 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  37.5 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 315 aa  189  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.3 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 317 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 316 aa  185  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 317 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 317 aa  175  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 320 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 317 aa  175  8e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 343 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 320 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 329 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.96 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  35.67 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.99 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 325 aa  170  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4782  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.896768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>