More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_0722 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  640    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  36.73 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.69 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 300 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.46 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.68 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.67 
 
 		 328 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.1 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.57 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.98 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 312 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 325 aa  175  9e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.03 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 311 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>