More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5573 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  612  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 316 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 317 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 315 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 315 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 317 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 317 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 298 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  41.55 
 
 		 302 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 302 aa  247  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 328 aa  239  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 315 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 302 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  235  7e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  43.27 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  43.99 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  38.91 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  43.39 
 
 		 296 aa  229  6e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  228  7e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.12 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  41.03 
 
 		 299 aa  218  7.999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 326 aa  212  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  211  7.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  40.07 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 323 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1476  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.955554  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4397  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 295 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  0.0963466 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 306 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>