More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4071 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  615  1e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  66.45 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 299 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  64.42 
 
 		 317 aa  371  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  64.42 
 
 		 317 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  62.78 
 
 		 315 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 302 aa  315  4e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  53.64 
 
 		 302 aa  315  6e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 302 aa  315  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 305 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 305 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 305 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  51.46 
 
 		 306 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.51 
 
 		 328 aa  308  9e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  52.53 
 
 		 304 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  53.67 
 
 		 298 aa  294  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 298 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 302 aa  248  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  48.5 
 
 		 305 aa  239  5e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  44.15 
 
 		 296 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.44 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 310 aa  218  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  43.71 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 317 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 317 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 316 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  209  7e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 317 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 312 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 292 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 326 aa  208  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 315 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 315 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  40.13 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 330 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.47 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 332 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.57 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 329 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 296 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.34 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.34 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.34 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>