More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0669 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 299 aa  605  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  86.69 
 
 		 292 aa  522  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  84.51 
 
 		 299 aa  518  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  80.74 
 
 		 298 aa  497  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  76.79 
 
 		 297 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  77.47 
 
 		 297 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  77.47 
 
 		 297 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  75.08 
 
 		 301 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1476  LysR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 299 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.955554  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4397  LysR family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 295 aa  425  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  0.0963466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4916  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 283 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  59.11 
 
 		 302 aa  366  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.11 
 
 		 328 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 305 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 305 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 306 aa  241  9e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  40.13 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  42.86 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 315 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 315 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  212  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 310 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  40.45 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 304 aa  198  7e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 323 aa  195  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.03 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 309 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.98 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  188  8e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  39.46 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  41.3 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 326 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 325 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 300 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.26 
 
 		 293 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 330 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.94 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.27 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.27 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.27 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>