More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4397 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4397  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  0.0963466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4916  LysR family transcriptional regulator  98.59 
 
 		 283 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7231  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 		 301 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.112256 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  73.79 
 
 		 292 aa  447  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  72.41 
 
 		 299 aa  448  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  73.54 
 
 		 299 aa  443  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  73.54 
 
 		 297 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  73.54 
 
 		 297 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  72.51 
 
 		 297 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1476  LysR family transcriptional regulator  74.32 
 
 		 299 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.955554  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 298 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 302 aa  352  2.9999999999999997e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 302 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.47 
 
 		 328 aa  235  7e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  47.29 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  39.12 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 317 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 300 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 304 aa  198  7e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 317 aa  195  9e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  40.41 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  41.09 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.98 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 312 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  41.73 
 
 		 311 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  36.36 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.77 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 300 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 336 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0823  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.15 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0743  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  38.32 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  37.84 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0892  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 325 aa  165  8e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 323 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>