More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2804 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  95.02 
 
 		 301 aa  587  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 294 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 343 aa  332  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 294 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 294 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 317 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 294 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 330 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 330 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 294 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 329 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 296 aa  325  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 330 aa  325  7e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 332 aa  314  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 299 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  41.08 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  41.78 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.54 
 
 		 328 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 326 aa  202  7e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  39.38 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2406  transcriptional regulator, LysR family  38.99 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 336 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2978  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4635  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.258134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4055  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 315 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3466  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 315 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5160  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.709796 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5241  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 317 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  37.8 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2772  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  38.31 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6757  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.914679 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2084  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0776  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.861314  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0681  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0499  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0570  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.546598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1987  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1635  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6539  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.189801 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 302 aa  168  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0444  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.641872  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  36.05 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>