More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5204 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  622  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  80.34 
 
 		 308 aa  477  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 		 308 aa  476  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 336 aa  457  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4635  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 307 aa  363  2e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.258134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 300 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 297 aa  251  9.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 305 aa  229  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 314 aa  205  7e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4357  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.67748 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.14 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 294 aa  202  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 330 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 330 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 300 aa  197  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36.12 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 330 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.87 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 329 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4000  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117315 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5489  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5371  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0350  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 306 aa  186  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1783  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2086  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1824  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.381841  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0822  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1113  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379059  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3604  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4608  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.960011  normal  0.108983 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4782  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.896768 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3783  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.00000939543 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0444  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.641872  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 326 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.67 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1297  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.496743  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  35.27 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  37.95 
 
 		 299 aa  178  9e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2956  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0783  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.530493  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0854  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5473  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0418  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02150  transcription regulator transcription regulator protein  36.03 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5533  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.72 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 311 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 399 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.55 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2995  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0894  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4080  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2690  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3409  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.690541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  35.79 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>