More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oant_4080 on replicon NC_009668
Organism: Ochrobactrum anthropi ATCC 49188



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009668  Oant_4080  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  622  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0665  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0688297  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  31.56 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.56 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.56 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.56 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 310 aa  168  8e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.1 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 307 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 317 aa  165  8e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 312 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.45 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5204  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.647866  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.79 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 306 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.97 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.85 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2208  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.860838  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.09 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0878  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 336 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.16 
 
 		 306 aa  155  9e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  30.16 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  28.81 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4071  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.06 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.46 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3360  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.33 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>